El Barça encarava les seves segones eleccions democràtiques un 1 d’abril de l’any 1989. Aquestes s’havien vist demorades automàticament l’any 1981 i el 1984 ja que cap precandidat va aconseguir els avals. El club es trobava en una situació complexa: Cruyff havia arribat, aquest cop com a entrenador, i es posava a treballar amb un equip totalment remodelat després de l’escàndol de l’Hesperia i els resultats encara no eren palesos.
Així i tot, Núñez va ser reelegit. Les eleccions en qüestió van celebrar-se al Camp Nou justament el dia d’un Barça – Madrid que va acabar en 0 a 0, i aquell dia justament debutava el mític Romerito. En aquests comicis només s’hi van presentar dos candidats: Josep Lluís Núñez i Sixte Cambra. El primer va guanyar de forma solvent amb un 59,1% dels vots, mentre que Cambra es va emportar el 40,9% restant.
El segon mandat de Núñez va suposar, fins al moment, el més important de la història del Club. Aquell període va deixar una recopa d’Europa (1989), quatre Lligues (1991, 1992, 1993,1994), una Copa d’Europa (1992) i una Copa del Rei (1990). A part, va suposar l’arribada al club de diversos jugadors mítics, i també de polèmics, com Stoichkov, Laudrup o Figo.
L’any 1993, Núñez va tornar a ser reelegit automàticament, ja que cap precandidat va arribar a presentar una candidatura opositora, i l’aleshores president no va haver d’afrontar unes noves eleccions fins a l’any 1997. Aquell cop, però, amb el club immers en una crisi per la sortida de Cryuff un any abans i la remodelació posterior de la plantilla.
